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Ambos conjuntos llegaron a las dos últimas jornadas jugándose el ascenso, después de que Racing de Ferrol y Cultural Leonesa se quedasen sin opciones. Fue superado por el Racing de Santander, el Cartagena y el Getafe. En 2006 pasó al Racing de Estrasburgo, Jugó siete partidos de liga, equipacion atletico de madrid todos como un suplente. El Córdoba fue colista durante casi toda la Liga, y acabó sucumbiendo al pozo de la Segunda División B. Los entrenadores de esa campaña fueron Rajkov y Uceda. Como curiosidad, el Córdoba jugó los dos últimos partidos de la temporada como local en el Benito Villamarín y en el Sánchez Pizjuan, ya que El Arcángel se encontraba clausurado tras recibir una pedrada el colegiado que pitó el partido ante el Eldense. Con la salida de Jürgen Klopp y Thomas Tuchelse ha convertido en el candidato número 1 para ocupar el banquillo de dos de los clubes que marcaron su carrera: Liverpool y Bayern. UEFA, si bien tras en conversaciones con la FIFA y diversos clubes aún en su gestación, el estamento europeo dio su aprobación y pasó a ser su organizador.
En la 1996-97 conquistó un nuevo título de Liga de Segunda B, pero en la promoción se produjo una nueva decepción al ser superado por el Elche por diferencia de goles en la liguilla por el ascenso. Suman los de Ancelotti dos derrotas en los tres últimos partidos, ante Villarreal (Liga) y Barça (Supercopa), además de un empate (sólo pudo ganar en los penaltis) ante el Valencia en la semifinal de Riad. Con Cayetano Re en el banquillo, la gesta se concretó el 3 de mayo de 1981 en Ibiza tras un 1-1. En Copa del Rey, la trayectoria fue menos brillante, quedando eliminado el conjunto blanquiverde en primera ronda por el San Fernando, que igualó el 2-1 de la ida y se lo llevó en los penaltis. Lo hizo de una forma brillante, siendo 2.º en su grupo por detrás del Mallorca. No obstante, el ansiado ascenso a Segunda División llegó de forma casi inesperada. El conjunto blanquiverde tuvo en su mano el ascenso después de empatar a 0 en el Martínez Valero, pero en las dos últimas jornadas, lo dejó escapar de forma casi inesperada.
El presidente fue José María Romeo Moya y el técnico que comenzó la temporada fue Ramón Miralles, suplido en enero por Manuel Guillén del Castillo, que formó un tándem con Rodri, que llevaba al juvenil. La 2008-09 resultó algo más tranquila, quedando el equipo en la 13.ª plaza, siendo entrenado por José González primero y Juan Luna Eslava después. El director técnico, Gerardo Martino, admitió después en conferencia de prensa que Brasil debió haber ganado y que su equipo tuvo mucha suerte. Hasta cuatro técnicos se sentaron en el banquillo de El Arcángel: Cayetano Re, Escalante, Pachín (que no llegó a sentarse en el banquillo al padecer una depresión), y Rajkov. En 2005 el Córdoba se encuentra de nuevo en el pozo de Segunda B. A pesar de grandes fichajes como Javi Moreno, el conjunto entrenado primero por Quique Hernández, y luego por José Escalante, terminó 6.º en Liga, lo cual no le permitía disputar la promoción de ascenso.